Takové projekty velmi často realizujeme pomocí metodiky Stage-Gate. Tato metodika se vyznačuje tím, že projekt je zpočátku rozdělen do fází. Po každé fázi pak následuje rozhodovací brána (tzv. Gate Go, no Go), kde se rozhoduje, zda v projektu pokračovat, nebo jej ukončit. Projekty výzkumu a vývoje se vyznačují tím, že při zahájení projektu je několik věcí neznámých. Postupem času je situace stále zřetelnější. Víme toho stále více, což by se mělo průběžně promítat do rozpočtu projektu. Co to znamená v praxi? Na začátku projektu výzkumu a vývoje bychom měli poměrně podrobně naplánovat 1. fázi projektu, zatímco pro ostatní fáze bychom měli vytvořit pouze odhadované rozpočty. Vše, co víme již na začátku projektu, by se samozřejmě mělo promítnout do plánu. Jakmile projekt dospěje k rozhodovacímu bodu, který ukončuje fázi 1, měl by projektový manažer vypracovat podrobný rozpočet pro fázi 2 a upravit rozpočty pro následující fáze podle dostupných znalostí. Řídící výbor povoluje v době Gat 1 vynakládat pouze finanční prostředky týkající se fáze 2. Situace se opakuje obdobně, když projekt dosáhne úrovně Gat 2.
Mnoho společností plánuje počáteční odhad rozpočtu, který je později upřesňován v průběhu projektu v rámci organizačních projektů nebo projektů zlepšování procesů. Charta projektu se často vypracovává ještě před rozhodnutím o realizaci projektu. Ti, kteří se rozhodnou projekt realizovat, potřebují alespoň odhad jeho rozpočtu. Není třeba vytvářet podrobné rozpočty, protože tomu můžeme věnovat mnoho práce a rozhodnutí o zahájení nebude přijato. V praxi se vyplatí zaměřit se na nejkritičtější položky náročné na zdroje a odhadnout je. Pokud je pro takový projekt přijato příznivé rozhodnutí, měl by být tento rozpočet ve fázi plánování náležitě podrobně popsán. Do odhadovaného rozpočtu můžeme například zahrnout položku „služební cesty“ a odhadnout jejich náklady na 200 tisíc PLN. V podrobném rozpočtu můžeme tuto položku rozdělit na tuzemské a zahraniční cesty. Úroveň podrobnosti by měla být taková, jakou naše znalosti v této fázi umožňují.
Následující obrázek ukazuje rozpočtovou situaci projektu v průběhu realizace. Tento obrázek je převzat ze specializovaného systému pro řízení projektů FlexiProject.
Při schvalování celého plánu tohoto konkrétního projektu byl schválen i plán rozpočtu – ten je uveden ve sloupci „Plán“. Ve sloupci „Částka“ jsou uvedeny všechny náklady, které již vznikly v průběhu projektu, a všechny pravděpodobné výdaje, o kterých víme, že nám vzniknou v období do konce projektu. Porovnáme-li sloupec Částka se sloupcem Plán, zjistíme „odchylku“, kterou můžeme očekávat na konci projektu.
Níže uvedený obrázek ukazuje rozdělení nákladů na projekt v čase.
V průběhu projektu se objevují podklady k výdajům, které jsou v systému zaznamenány – ty jsou uvedeny níže u vybrané rozpočtové položky.
Jakmile se objeví nové výdaje, získá projektový manažer přesnější informace o tom, jaké další náklady lze v průběhu projektu očekávat. Projektový manažer by měl rovněž zaznamenat všechny nové informace do řádku Prognóza. Tímto způsobem budeme mít vždy aktuální informace o rozpočtu projektu. Prakticky každá společnost věnuje řízení nákladů velkou pozornost. Totéž by mělo platit i pro rozpočty nákladů na projekty, protože přispívají k celkové ziskovosti společnosti, kterou se každá firma snaží maximalizovat.