Każdy użytkownik programu FlexiProject może sam zdecydować, jakie powiadomienia mailowe chce otrzymywać automatycznie z systemu. Wybór jest duży.
Użytkownik może chcieć otrzymywać powiadomienie o przypisaniu do nowego zadania, o oczekującej akcetacji, o zbliżającym się terminie wykonania zadania albo o zakończeniu zależnego, poprzedzającego zadania.